蛋白純化，是一項既復雜又嚴謹的工作，在保證純度外，還要求保持其生物學活性。蛋白質純化常見的方法有：親和層析法、離子交換層析法、疏水層析法、凝膠過濾層析法等。
蛋白質純化方法之親和層析法，主要依靠蛋白質與介質配體間特異性的可逆結合作用進行分離。配體可直接與目標蛋白質結合，也可以與蛋白質共價結合的標簽結合。親和層析通常是一種最粗放的純化過程，一般在純化工藝的前期應用。基于后續應用的要求，可能只需要一步親和層析即可獲得純度合格的蛋白質。
蛋白質純化方法之離子交換層析法，主要基于其凈電荷的不同，通過蛋白質與帶電荷的固定相之間的靜電作用力進行分離。IEX有以下兩類:（1）陰離子交換層析（固定相帶正電荷，與帶負電的蛋白質相結合）；（2）陽離子交換層析（固定相帶負電，與帶正電的蛋白質相結合）。離子交換層析常用于蛋白質純化工藝中期。但是，對某些蛋白，在純化工藝的前期或后期采用該方法亦可獲得良好的分離效果。
蛋白質純化方法之疏水層析法，主要是基于它們疏水性的不同。它常在蛋白質純化工藝的中期使用。在HIC中，蛋白質在高離子強度的緩沖液中與固定相結合，因此，無需更換緩沖液或者洗脫液即可在離子交換色譜之后直接應用HIC。同樣，HIC也可以跟在通過用鹽類沉淀快速去除部分而非全部蛋白質的硫酸銨沉淀步驟之后實施。HIC有時在純化工藝的前期使用，有時也作為最后一個步驟來去除目標蛋白中的微量雜質。
蛋白質純化方法之凝膠過濾層析法，是根據蛋白質具有不同的水力學半徑將它們進行分離，該數據主要通過測量分子尺寸和形狀兩方面信息獲得。與上述其他層析過程不同的是，蛋白質不與SEC的固定相相結合，而是依靠它們通過惰性固定相的速度不同來完成分離。
