科學家*實現(xiàn)對新冠病毒RNA直接測序

澳大利亞墨爾本大學微生物和免疫學系的Lachlan Coin和Sebastian Duchene團隊及合作者，提供了新冠病毒的di一個直接RNA序列，詳細介紹了該冠狀病毒亞基因組長度的mRNA結(jié)構(gòu)，并描述了從共享數(shù)據(jù)中揭示的冠狀病毒進化遺傳學的各個方面。相關(guān)論文3月7日發(fā)布于預(yù)印本服務(wù)器bioRxiv（bioRxiv所有論文未經(jīng)同行評議）。

新冠病毒是一種冠狀病毒科陽性單鏈RNA病毒，與能感染哺乳動物和禽類宿主的乙型冠狀病毒相關(guān)，例如MERS冠狀病毒和SARS冠狀病毒。

為了確定新冠病毒亞基因組長度的mRNA的結(jié)構(gòu)，研究人員使用了一種近建立的基于高度平行納米孔陣列的直接RNA測序方法。簡而言之，從具有高水平新冠病毒的培養(yǎng)材料中制備出核酸，并在GridION平臺上進行測序。

通過這種方法，新冠病毒樣本在40小時的測序中產(chǎn)生了680347個讀數(shù)，包含了860Mb的序列信息。與培養(yǎng)的新冠病毒分離株的基因組一致，部分讀數(shù)屬于冠狀病毒序列（28.9%），包括分布在29893個堿基基因組中的367Mb序列。其中一些的長度超過2萬個堿基，研究人員還捕獲了單個分子上的大部分基因組。

通過數(shù)據(jù)分析，研究人員確定了42個具有可預(yù)測的5-甲基胞嘧啶修飾的位點，這些位點在亞基因組長度的mRNA之間呈現(xiàn)一致的位置。

在其他陽性單鏈病毒中，RNA甲基化在感染過程中會發(fā)生動態(tài)變化，影響宿主—病原體相互作用和病毒復制。一旦數(shù)據(jù)集可用于新冠病毒的直接RNA序列，研究人員可能會發(fā)現(xiàn)其他的修飾。人們目前對冠狀病毒的表觀轉(zhuǎn)錄組修飾知之甚少。

研究人員認為，通過使用直接的RNA序列數(shù)據(jù)，有助對新冠病毒分子生物學的深入了解，并可能幫助構(gòu)建病毒亞基因組長度mRNA結(jié)構(gòu)的詳細視圖