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產(chǎn)品介紹
細菌基因組測序，可分為細菌基因組de novo測序和細菌基因組重測序兩類。細菌基因組de novo測序，即從頭測序是指不需要任何現(xiàn)有的序列信息就可以對某個細菌物種進行測序，利用生物信息學(xué)分析手段對序列進行拼裝，從而獲得該細菌物種的基因組序列。細菌基因組重測序是對已有參考序列（Reference Sequence）的物種的不同個體進行基因組測序，并以此為基礎(chǔ)進行個體或群體水平的差異性分析。可關(guān)注大量的單核苷酸多態(tài)性位點（SNP）、插入缺失（InDel, Insertion/Deletion）、結(jié)構(gòu)變異（Structure Variation，SV）等變異信息。細菌基因組測序可以預(yù)測重要基因和蛋白以了解其功能和可能機制，已取代傳統(tǒng)方法成為研究細菌進化遺傳機制、關(guān)鍵功能基因的重要工具。
根據(jù)不同的研究目的和需求，細菌基因組測序可具體分為以下產(chǎn)品：
細菌重測序
構(gòu)建小片段文庫，深度測序，基于已知參考基因組關(guān)注基因組變異情況（包括SNP和InDel等），可進行群體研究。
細菌denovo測序
細菌框架圖：構(gòu)建小片段文庫，采用高深度測序（100X）和初級的基因組從頭組裝策略，可滿足細菌基因組研究的基礎(chǔ)需求。
細菌精細圖：構(gòu)建大片段和小片段文庫，采用高深度測序（150X）和針對性的基因組從頭組裝策略，是目前細菌基因組研究的主導(dǎo)產(chǎn)品。
細菌完成圖：根據(jù)待測菌株具體情況量身定制*策略，構(gòu)建不同大小片段及類型文庫，綜合利用多種高通量測序技術(shù)及組裝技術(shù)，終組裝得到一條完整的基因組序列（1 Contig，0 gap），是細菌基因組測序從頭組裝的高標(biāo)準(zhǔn)。
流程圖
結(jié)果示例
案例分析
案例：耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）全基因組測序揭示其傳播機制及系統(tǒng)發(fā)育
Genome sequencing defines phylogeny and spread of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a high transmission setting. Genome Res. 2015 January; 25(1): 111–118.
耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）是一種常見的引發(fā)醫(yī)院內(nèi)感染的致病菌，本研究對泰國東北部一家醫(yī)院分離出的79株菌進行了全基因組測序，繪制了該菌的系統(tǒng)發(fā)育樹，并發(fā)現(xiàn)了多個不同進化支，據(jù)此推理出感染病人之間的MRAS傳播途徑。
技術(shù)參數(shù)
產(chǎn)品 | 測序策略 | 交付指標(biāo) | 周期 |
細菌重測序 | HiSeq/MiSeq, 500bp文庫 | ≥100X | 40個工作日 |
細菌框架圖 | HiSeq/MiSeq, 500bp文庫 | ≥100X | 35個工作日 |
細菌精細圖 | HiSeq/MiSeq, 500bp+6K文庫 | ≥150X | 45個工作日 |
細菌完成圖 | 多測序平臺及多類型文庫 | 1 Contig, 0gap | 75個工作日 |
樣品要求
樣品類型 | 檢測方法 | 總量 | 濃度 | 其他要求 |
DNA | Qubit、AGE | 小片段文庫:≥ 1.5μg | 小片段文庫: > 50ng/μL | OD260/280= 1.8~2.0 |
服務(wù)流程
1、提交項目課題相關(guān)需求和資料。
2、與我們的專業(yè)技術(shù)團隊討論項目細節(jié)。
3、根據(jù)討論后的意見對實驗方案進行修改。
4、雙方均滿意并達成一致，簽訂技術(shù)服務(wù)合同。
5、開展實驗，按期完成合同規(guī)定的內(nèi)容。
6、結(jié)題，提供實驗原始結(jié)果和分析結(jié)果、實驗流程、實驗條件等等。
我們的優(yōu)勢
1、適用于單細胞、微量細胞樣品。
2、數(shù)據(jù)質(zhì)量高、偏差小、高度均一。
3、高通量，單個樣本可達30-100X的測序深度和數(shù)據(jù)產(chǎn)出量。
4、*的覆蓋度，能檢測到90%以上的SNP位點信息。
5、檢測靈敏度和準(zhǔn)確度高。
6、能夠全面發(fā)掘新的和稀有的遺傳變異
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